Con el fin de conocer la situación actual de las poblaciones del pez cachorrito del desierto se realizó un ciclo anual de muestreos bimensuales en localidades selectas donde se registra la presencia de la subespecie. los peces se muestrearon con chinchorros playeros y trampas y las observaciones sobre los ejemplares del pez cachorrito del desierto recolectados fueron procesados y regresados vivos en el mismo sitio de captura. La evaluación fisicoquímica del hábitat se realizó con base en la temperatura, oxígeno disuelto, potencial de iones hidrógeno (ph), salinidad y profundidad. la distribución actual del pez cachorrito del desierto está confinada a cuatro localidades, una en Baja California (estanques de aguas residuales de Ceotérmica de Cerro Prieto) y otras de Sonora (zonas de inundación adyacentes al canal Welton-Mohawk, ciénegas El Doctor y Ciénega de Santa clara frente al ejido La Flora del Desierto). las especies de peces dominantes en las localidades muestreadas fueron el nativo C. M. macularius (pez cachorrito del desierto), y los exóticos Poecilia latipnna (molly de vela), Tilapia cf zilli (mojarra africana) y G. affinis (pez mosquito), respectivamente. Se registró una amplia fluctuación espacio-temporal en la distribución y abundancia de las poblaciones de C. macularius en el área de estudio, que concordó con las tendencias registradas en estudios previos. la proporción sexual promedio (machos:hembras) del pez cachorrito del desierto fue de 1:1.08. La ecuación de la relación peso-longitud estimada para el pez cachorrito del desierto fue W= 6.85x10-6 L3.330, indicando un crecimiento de tipo alométrico positivo. Dentro de la cuenta del Bajo río colorado, la localidad 1 registró la población mejor representada en estructura de edad y tallas y aparentemente aislada de las demás para la porción mexicana de la distribución de la subespecie. Los impactos antropogénicos que afectan al distribución, abundancia y adecuada permanencia de las poblaciones nativas del pez cachorrito del desierto en la porción mexicana de la cuenca del río colorado, son la acumulativa y progresiva alteración de los hábitats acuáticos y ribereños, y la presencia de poblaciones de peces exóticos que ocasionan el desplazamiento de los nativos. los peces exóticos mojarra africana, molly devela y pez mosquito, constituyen el principal agente biológico que ha venido afectando directa o indirectamente la distribución y abundancia de las poblaciones nativas del pez cachorrito del desierto. El hábitat de distribución y permanencia de las poblaciones del pez cachorrito está condicionado y actualmente restringido por la periodicidad y el volumen de los flujos de agua vertidos hacia la porción mexicana de la cuenca.