El objetivo central del proyecto lo constituye la realización y la publicación de un inventario de las especies de plantas vasculares que crecen en forma silvestre en los estados mexicanos de Guanajuato, Querétaro y en la parte de Michoacán ubicada al E del paralelo 102º 10´ W y al N del parteaguas de la cuenca del río Balsas. La flora es un esfuerzo cooperativo, crítico, coordinado por el Instituto de Ecología, en el que participan investigadores del mismo, así como de otros organismos nacionales y algunos extranjeros. La flora se edita en forma de fascículos sin secuencia preestablecida. Cada fascículo corresponde en principio a una familia. Además se edita una serie paralela de fascículos complementarios, que dan cabida a temas ligados al universo vegetal del área, pero que no son propiamente contribuciones taxonómicas. Las labores preparatorias se iniciaron en 1984 y la publicación de la Flora comenzó en 1991. La fase II involucró la elaboración y la distribución de los fascículos 45 a 59, así como de los complementarios XIII a XVII.