Uno de los rasgos más importantes del Estado de Quintana Roo es su suelo tipo carst, donde la alta permeabilidad de la roca caliza favorece la formación de sistemas acuáticos cársticos asociados a su amplia red de aguas subterráneas (cenotes, aguadas, manantiales y lagunas). En estos sistemas cársticos, con cierto grado de exposición a la luz solar, las comunidades de microalgas son de los grupos más diversos, pero han sido poco estudiadas. Las principales divisiones que han sido reportadas en los sistemas dulceacuícolas de Quintana Roo son la Cyanoprokaryota, Chlorophyta y Bacillariophyta. En la Laguna Lagartos, Akumal, hemos reportado alrededor de 130 especies, de las cuales el 40 % son nuevos registros para el estado y la proporción de cada grupo taxonómico varió según las estaciones climáticas dominantes de la región. Tomando en consideración lo anterior, el objetivo principal del presente estudio es obtener listas taxonómicas de las comunidades del perifiton y fitoplancton de los sistemas dulceacuícolas del Área de Protección de Flora y Fauna Yum Balam, Cenotes de Playa del Carmen, Laguna Lagartos y de la Reserva de Biosfera de Sian Ka'an. Debido a que se estudiarán sistemas con diferente estado de conservación, se realizarán muestreos en cada una de las estaciones climáticas dominantes en la región en al menos 30 ambientes dulceacuícolas. Se tomarán muestras para el análisis de las comunidades del perifiton y del fitoplancton y variables físico-químicas. El análisis del perifiton y fitoplancton se realizará utilizando técnicas de laboratorio estándar y microscopia de campo claro. La información que se obtenga, permitirá conformar una base de datos de las condiciones ambientales y de las variaciones espacio-temporales en las que crecen las microalgas, lo cual a mediano y largo plazo sentarán las bases para el empleo de estos microorganismos en el biomonitoreo rutinario de la calidad del agua de la región. Palabras clave: Perifiton, Fitoplancton, Ambientes dulceacuícolas cársticos, Quintana Roo.