El objetivo central del proyecto lo constituye la realización y la publicación de un inventario de las especies de plantas vasculares que crecen en forma silvestre en los estados mexicanos de Guanajuato, Querétaro y en la parte de Michoacán ubicada al E del paralelo 102º 10´ W y al N del parteaguas de la cuenca del río Balsas . La flora es un esfuerzo cooperativo, crítico, coordinado por el Instituto de Ecología, en el que participan investigadores del mismo, así como de otros organismos nacionales y algunos extranjeros. La flora se edita en forma de fascículos sin secuencia preestablecida. Cada fascículo corresponde en principio a una familia. Además, se edita una serie paralela de fascículos complementarios, que dan cabida a temas ligados al universo vegetal del área, pero que no son propiamente contribuciones taxonómicas. Las labores preparatorias se iniciaron en 1984 y la publicación de la Flora comenzó en 1991. Hasta noviembre de 1997 se elaboraron y distribuyeron 59 fascículos de la Flora, así como XVII complementarios. La fase III contempla la publicación de aproximadamente 15 fascículos adicionales.