El Gobierno Federal publicó recientemente el listado de las especies y subespecies de flora y fauna, incluidas en la Norma Oficial Mexicana (NOM-ECOL-059), que se privilegian con una protección legal. Ante la falta de información biológica básica de la mayoría de las especies, se ha cuestionado la objetividad para asignar categorías de riesgo a las especies, considerando su estado de conservación. Algunas propuestas basan su criterio en un índice de prioridad de conservación (IPC), considerando los requerimientos de hábitat (e.g., especialista vs generalista), distribución geográfica, endemicidad, masa corporal y abundancia relativa de las especies. Aquí se propone un método cuantitativo con aplicación universal, que combina la modelación de la distribución de especies, el análisis de la fragmentación de hábitat remanentes y los criterios propuestos con el IPC. El uso del método GARP (Genetic algorithm for rule-set prediction) para modelar la distribución de una especie, basado en su nicho ecológico fundamental, permite identificar los hábitat naturales dentro de su distribución geográfica. Por tanto, es posible cuantificar la fragmentación de los hábitat naturales remanentes, como consecuencia de la alta deforestación en el país. El análisis de la fragmentación (en función del número, tamaño y forma de los fragmentos) de los hábitat naturales remanentes, permitirá evaluar el estado de conservación de la especies en un contexto geográfico. De esta manera, se podrán proponer asignaciones de categoría de riesgo a las especies en diferentes regiones de su distribución, considerando la fragmentación de los hábitat naturales remanentes.