Dado que México es el centro de origen y diversificación temprana del maíz, aunado al hecho de que aquí se encuentran sus parientes silvestres más cercanos (teocintles) es necesario evaluar el impacto que la introducción del maíz transgénico pueda tener en la biodiversidad de variedades de maíz criollo mexicano así como en los agroecosistemas asociados. En este trabajo se evalúan la frecuencia de dos marcadores genéticos presentes en el maíz transgénico: el promotor CaMV35S y el terminador NOS en poblaciones de maíz criollo recolectado en 21 localidades de los estados de Puebla y Oaxaca para cuantificar fenómenos de introgresión y flujo génico.