El Fideicomiso Fondo para la Biodiversidad es auditado cada ejercicio (1 de enero a 31 de diciembre), desde 1993 para efectos financieros y a partir de 1996 para efectos fiscales. Es muy importante contar con el dictamen fiscal, debido a que el Fideicomiso está registrado como "Donataria Autorizada" ante la Secretaría de Hacienda y Crédito Público desde 1996.

La auditoría es uno de los mecanismos que ayuda a controlar las operaciones financieras; contar con un dictamen sin salvedades es resultado de un control interno adecuado y de una aplicación eficiente de las normas contables y fiscales.

31 de diciembre de 2000 31 de diciembre de 2001 31 de diciembre de 2002 31 de diciembre de 2003 31 de diciembre de 2004 31 de diciembre de 2005 31 de diciembre de 2006 31 de diciembre de 2007 31 de diciembre de 2008 31 de diciembre de 2009 31 de diciembre de 2010 31 de diciembre de 2011