La laguna de Río Lagartos se encuentra dentro de la Reserva Especial de la Biósfera de Ría Lagartos, en la que la ganadería ha ido cobrando cada vez más importancia. 6385 has de las 47840 que tiene la reserva se usan para tal fin, esta actividad aunque es fuente de ingresos importantes, produce impactos negativos en el ambiente como desplazamiento y/o desaparición de las especies oriundas, erosión, plaguicidas, fertilizantes, etc. Dentro de la laguna las salinas artesanales e industrializadas han incrementado su extensión, lo que significa más zonas de la laguna cerradas a los organismos acuáticos migratorios que utilizan temporalmente al estero. Las poblaciones de Río Lagartos y San Felipe han crecido a base de rellenos de la laguna, y muchos de los asentamientos humanos carecen de servicios (agua y drenaje). Esta presión sobre las condiciones naturales de los ecosistemas costeros, se exacerba por las características de la península, como son la ausencia de agua dulce superficial y la gran permeabilidad de la caliza que constituye el subsuelo. Los resultados de esta investigación indican que en la laguna Río Lagartos no se encuentran balanceados, los procesos de transformación del nitrógeno (amonificación-nitrificación-desnitrificación), ya que la amonificación es del orden de 550 mil moles/día, la nitrificación es del orden de 323 mil moles/día, y la desnitrificación es tan solo del orden de 105 mil moles/día. Al hacer el balance de nitrógeno con los materiales importados y exportados con el mar adyacente a través de las bocas de la laguna, se ve que este ecosistema es una trampa a la que entran grandes cantidades de materiales disueltos y suspendidos, como las 34 mil moles de amonio por día, y las 38 mil moles/día de nitrógeno particulado que van en las 68 toneladas de material orgánico suspendido que diariamente aporta el mar a la laguna. El amonio aportado por la amonificación en sedimentos (550 mil mol/día), y por el mar (34 mil mol/día), es transformado en parte por el proceso de nitrificación (323 mil mol/día), y otra parte es reciclado en la fotosíntesis y/o perdido a la atmósfera (299 mil mol/día). El nitrato proveniente de la nitrificación (323 mil mol/día), de los manantiales y de la lluvia, debe ser reciclado en su mayoría en la fotosíntesis, ya que sólo 105 mil/mol/día son eliminados hacia la atmósfera por la desnitrificación, y tan sólo 3 mil mol/día son exportados al Golfo de México. Aún cuando los sedimentos de Río Lagartos están liberando fosfato (1141 mol/día), el hecho de que existe una entrada neta del mar a la laguna de 319 mil/día, aunado a los aportes por las descargas domésticas, indica que este ecosistema se está enriqueciendo con fósforo. Para probar esto será necesario vigilar los contenidos de este elemento en el sedimento y ver si sube o baja con respecto a los encontrados en este estudio. Igualmente es necesario vigilar el contenido de nitrógeno en los sedimentos, así como la materia orgánica total en sedimento y la demanda bioquímica de oxígeno en el agua, que aunque en estos muestreos no llegaron a extremos alarmantes, si se encuentra en valores considerados como límite para un sistema saludable o en equilibrio.