La Casuarina equisenfolia, originaria de Oceanía y Sureste de Asía ha venido invadiendo la zona de dunas costeras y humedales de la zona costera de la Reserva. Su alta tasa de producción y crecimiento, entre otros factores, la hacen altamente competitiva al grado de comportarse como una plaga. El objetivo del programa en el corto plazo es controlar el crecimiento de la población, mediante la eliminación del arbolado, y en el largo plazo erradicar la especie de la zona de reserva. Esta fase del programa se desarrolló durante el segundo semestre de 1995. La metodología empleada requirió la aplicación de un herbicida conocido comercialmente como Garlón 4 al 4% en diesel, aplicado por método de corte y aspersión al tronco, mientras que las plántulas fueron desenraizadas. Los cortes se realizaron con machete con una separación aproximada de tres pulgadas entre cada corte. Tres estaciones de monitoreo fueron establecidas para observar la efectividad del herbicida. Los resultados incluyen un total de 147, 471 individuos de Casuarina sp que recibieron tratamiento o bien fueron desenraizados. Estos individuos fueron 19% adultos, 37% juveniles y 43% plántulas; para ello, se utilizaron 11.5 litros de herbicida en una distancia lineal de costa de aproximadamente 350 km., resultado en promedio al rededor de 40 ml de herbicida por km. Si bien las estaciones de monitoreo mostraron que el efecto del herbicida es cercano al 100% de efectividad en la población juvenil, también se mostraron diferencias en la mortalidad de las hojas de los adultos a partir de la tercera y quinta semana de haberse aplicado el herbicida con variaciones de entre 33 y 53%. El monitoreo se vio interrumpido después de la quinta semana debido a los efectos del huracán Roxana. Las observaciones de la efectividad del método en la actualidad son coincidentes con estos resultados. Observaciones posteriores indican una mayor efectividad en los adultos, realizando un cinchado del tronco y aumentando la concentración del mismo herbicida al 8%. Este programa representa el primer esfuerzo de erradicación de flora exótica en las áreas naturales protegidas del país.