Se presentan las relaciones filogenéticas de las especies mexicanas de Vanilla, con base en caracteres moleculares de la región ITS de los genes ribosomales. Las 10 especies de vainillas mexicanas pertenecen a linajes distintos del género, aunque 8 forman parte del clado que incluye a las especies económicamente más importantes (V. planifolia y V. pompona) y representan una parte importante de los recursos genéticos secundarios de este cultivo. Se hicieron evaluaciones de la variación de los ITS y se determinó que su secuencia es específica para cada taxón y que constituye una herramienta útil para el reconocimiento de material estéril dentro de este grupo. Los recursos genéticos primarios de vainilla están conformados por los cultivares y especimenes silvestres de V. planifolia. Se obtuvieron secuencias nucleotídicas de regiones genómicas supuestamente hipervariables con objeto de colectar datos que permitieran establecer una genealogía en esta especie y contestar preguntas acerca del origen, diseminación y procesos de domesticación en este cultivo. Las secuencias obtenidas (parciales de los genes Adh, CaM y GapC4), muestran nula o poca variación, aunque en uno de los casos ésta es informativa y aparentemente permite reconocer clones y sitios de origen de los especimenes. Sin embargo, la variación hasta ahora detectada es insuficiente para realizar un análisis que brinde mayor información sobre la historia de V. planifolia. Se presentan los resultados de un estudio sobre la variación y estructura genética, de las plantaciones e individuos silvestres conocidos de V. planifolia, para lo cual se utilizaron datos de 15 loci electroforéticos polimórficos. Todas las localidades presentan valores bajos en niveles de heterocigosis (Ho=0.000 a 0.078). Distintos análisis: Fst, análisis fenéticos y de parsimonia, indican una estructura de muy definida a poco definida, pero existe. La variación está repartida principalmente en dos áreas distintas, el norte de Oaxaca y el norte de Veracruz, aunque individuos aislados de localidades de Tabasco, este de Oaxaca y Chiapas pueden ser muy diferentes electroforéticamente. Los índices de fijación (F) son positivos, muy altos y cercanos a 1, y difieren significativamente del esperado para un entrecruzamiento al azar. Los datos sugieren que ha existido endogamia. Se presentan valores de flujo génico y de tasas de entrecruzamiento; el flujo génico es bajo y el sistema de reproducción dominante es la autofertilización. Los valores de diversidad genotípica no reflejan la existencia de una extensa propagación clonal y sugieren que las técnicas de electroforesis están sobrestimando el número de genotipos existente. Por último se señalan algunas observaciones sobre el manejo de los recursos genéticos de las vainillas cultivadas, indicándose rasgos deseables de otras especies mexicanas silvestres susceptibles de ser incorporados a este cultivo. La conservación de los recursos genéticos de Vanilla planifolia requiere principalmente de un plan de manejo ex situ, debido a las condiciones críticas de conservación de esta especie en estado silvestre. Se recomienda la creación de un banco de germoplasma y el mejoramiento de las condiciones en las plantaciones, especialmente en Oaxaca, como una estrategia para el mantenimiento de la diversidad genotípica en las plantaciones.