La Reserva de la Biosfera Montes Azules fue decretada como Área Natural Protegida en 1978, sin embargo es un área sujeta a fuertes presiones debido a los asentamientos humanos irregulares. Se tienen ubicadas cuatro zonas de alto riesgo de invasión: Sistema Lagunario (Zona Norte), Cuenca del Río Negro (Zona Central), Cordón Chaquistero y Ribera del Río Lacantun (Zona Sur). En junio de 2004, por medio de una Comisión Intersecretarial conformada por CONANP, PROFEPA, Secretaría de la Reforma Agraria, Secretaria de Gobernación y Gobierno del Estado de Chiapas, se inició la desocupación y reubicación voluntaria de 7 asentamientos irregulares, que dejaron más de 1,600 hectáreas afectadas por uso agrícola y poblamiento, las cuales fueron entregadas a la CONANP y a la Comunidad Lacandona. Para garantizar que los sitios no fueran ocupados por otros grupos invasores se iniciaron actividades de restauración, protección y vigilancia de estas áreas.