El Sistema Lagunar Nichupté-Bojórquez ubicado en la parte noreste de la península de Yucatán, en el Estado de Quintana Roo, se encuentra en un estado de deterioro ambiental avanzado, como consecuencia de los altos niveles de contaminación que registra, así como por el cambio en su hidrodinámica por las obras civiles adyacentes. En este proyecto se buscó comprender qué ocurre con los contaminantes que llegan al sistema proveniente de aguas residuales de los asentamientos humanos; para lograrlo, se caracterizó la distribución espacial de las variables ambientales y la concentración de nutrientes y contaminantes lagunares (orgánicos, metales pesados y microbiológicos). También se caracterizó la hidrodinámica, se realizaron estudios batimétricos y experimentos de transporte de sedimentos y se realizó una evaluación fotográfica a fin de ejemplificar los resultados. Una vez concluidas las campañas de medición, los datos servirán para alimentar un modelo hidrodinámico numérico de diferencias finitas. El modelo permitirá entender la dinámica del sistema lagunar en forma global, así como estimar los transportes de contaminantes y sedimentos. Con el modelo se investigarán las reacciones del sistema, por ejemplo a modificaciones hipotéticas de las bocas y a eventos de fuertes vientos como es el caso de los huracanes.